O substitutivo do PT ao relatório final da CPI dos Correios afirma que o esquema de Marcos Valério começou em 1997, no governo passado, e continuou em 2003, já no governo Lula, por meio do empresário Marcos Valério e do ex-tesoureiro do PT Delúbio Soares. De acordo com o site Globo Online, o substitutivo usa as expressões "esquema Marcos Valério" e "caixa dois" para referir-se aos repasses feitos a parlamentares por meio do valerioduto, mas não expressão "mensalão", empregada pelo relator da CPI dos Correios.

O documento do PT, que tem mais de 1,1 mil páginas e é dividido em três volumes, diz ainda que a afirmação da existência do mensalão como compra de consciência de parlamentares para votação em favor de projetos do governo não é sustentável. O substitutivo também menciona o dinheiro recebido pelos parlamentares como "recursos repassados aos partidos a título de empréstimo" e "caixa dois".

O substitutivo retira a proposta de indiciamento dos parlamentares que receberam dinheiro do valerioduto, propondo em contrapartida que o Ministério Público (MP) aprofunde as investigações. O documento inclui o ex-deputado José Dirceu na lista de parlamentares.

O PT também propõe que o MP continue investigando o ex-presidente do partido José Genoino, o ex-assessor do PP João Cláudio Genu, o ex-tesoureiro do PL Jacinto Lamas, o petista Vilmar Lacerda, o ex-tesoureiro informal do PTB Emerson Palmieri, o ex-ministro Anderson Adauto e a publicitária Zilmar Fernandes. Os pedidos de indiciamento do publicitário Duda Mendonça, Delúbio Soares e Sílvio Pereira também são mantidos.

O texto propõe ainda o indiciamento do senador Eduardo Azeredo (PSDB-MG) e de seu coordenador de campanha Cláudio Mourão por crime eleitoral na disputa do governo mineiro em 1998. O documento do PT aponta supostas evidências de que Marcos Valério manteve relacionamento constante e intenso com Azeredo desde sua campanha naquele ano.

O substitutivo pede também o indiciamento do dono do banco Opportunity, Daniel Dantas, pelos crimes de tráfico de influência, corrupção ativa e supressão de documentos. O relatório do PT informa que as empresas controladas por Dantas – Brasil Telecom, Telemig Celular e Amazônia Celular – são as principais depositantes nas contas de Marcos Valério no período entre 1997 a 2005.