1 - Começo da carreira
2 - Voltando as categorias de base
3 - Interino do Inter
4 - Acerto com o Fluminense
5 - Ida para o Goiás
6 - Título e a quase vaga na Libertadores
Em 2008, Enderson Moreira assumiu a equipe profissional do Ipatinga nas últimas sete rodadas do Campeonato Brasileiro daquele ano - antes era treinador das categorias de base do clube. Enderson pegou a equipe na última colocação e, até a penúltima rodada, tinha chances de escapar do rebaixamento. Porém, o Ipatinga terminou a competição como lanterna e acabou sendo rebaixado para a Série B.
Depois do insucesso no comando do Ipatinga, Enderson acabou retomando sua carreira como treinador das categorias de base em 2009, assumindo novamente o América-MG e depois o Atlético-PR, ambos na categoria sub-20. Em 2010, Enderson foi contratado pelo Inter, treinando a equipe B do clube gaúcho.
Após o Inter demitir o técnico Jorge Fossati, no dia 28 de maio de 2010, Enderson Moreira assumiu o clube como interino e comandou a equipe pela primeira vez na vitória em cima do Atlético-PR por 4 a 1, no dia 30 de maio de 2010. Enderson ainda esteve à frente da equipe em mais duas partidas: contra o Corinthians e Palmeiras. Enderson acabou voltando à equipe B do Inter, onde conquistou a Copa Sub-23. O técnico ficou até março de 2011, quando acertou com o Fluminense.
No dia 21 de março de 2011, Enderson Moreira acertou sua ida para o Fluminense como auxiliar-técnico permanente. Três dias depois, assumiu a equipe na Libertadores daquele ano, na partida contra o América do México. Enderson comandou o time do Fluminense em 13 partidas, e só saiu com a chegada de Abel Braga.
No final do mês de setembro de 2011, Enderson Moreira foi anunciado pelo Goiás como novo técnico do clube. Pela Série B do Campeonato Brasileiro, o time goiano ficou na 11ª colocação, com 52 pontos. Em 2012, o técnico conquistou dois títulos no comando do clube. Foi campeão do Campeonato Goiano e também da segunda divisão do Campeonato Brasileiro, levando a equipe goiana de volta à elite do futebol brasileiro.
Em 2013, Enderson Moreira conseguiu repetir o começo de ano de 2012, conquistando novamente o título do Campeonato Goiano. No início do Brasileirão, a equipe goiana era considerada uma das candidatas para cair. Porém, Enderson Moreira surpreendeu e conseguiu levar o Goiás até a sexta colocação. Na penúltima rodada, o clube estava ocupando a última vaga do G-4. Na última partida do ano, a equipe perdeu para o Santos em casa, e deixou escapar a chance de disputar a competição continental.
