Com a evolução da doença, o mentor da Apple se afasta pela primeira vez do comando da empresa em janeiro de 2009. Com uma licença médica, permanece fora por seis meses. Em carta, diz que um desequilíbrio hormonal havia causado sua perceptível perda de peso, sem dar mais detalhes. Em abril daquele ano, passa por uma cirurgia de transplante de fígado.