Para a diretoria, Cuca é o grande responsável pela chegada do Botafogo às finais e fases decisivas de competições nos últimos dois anos, mas a falta de um título acabou falando mais alto. Depois da derrota nos pênaltis para o Corinthians, que custou a vaga na decisão da Copa do Brasil, Cuca decidiu não continuar à frente do time.

Abatido, Cuca disse ao fim da partida que conversaria com a diretoria. Esta, por sua vez, desejava a permanência do treinador, mas o pedido de demissão foi inevitável. O anúncio será feito em coletiva marcada para as 12h, em General Severiano. Enquanto o técnico tem proposta do Santos, Ney Franco e Geninho são os primeiros nomes que surgiram para ocupar o cargo no Botafogo.

Cuca, que ainda busca seu primeiro título como treinador, disputou 138 partidas pelo Botafogo, com 70 vitórias, 38 empates e 30 derrotas. Ele fez a sua estréia no dia 25 de maio de 2006, quando o time goleou o Vasco por 4 a 0 pelo Campeonato Brasileiro. Naquele ano, levou o time a uma vaga na Copa Sul-Americana.

Em 2007, o Botafogo chegou a ser cantado pela crítica como o time que tinha o futebol mais bonito do país, mas isso não foi suficiente para evitar decepções. Depois do vice-campeonato estadual, diante do Flamengo, a equipe enfrentou uma traumática eliminação nas semifinais da Copa do Brasil, contra o Figueirense.

No entanto, liderava o Campeonato Brasileiro e era apontado como o favorito ao título, mas a derrota para o River Plate, no Monumental de Nuñez, pela Copa Sul-Americana, em 27 de setembro, causou danos irreparáveis. O time vencia por 2 a 1 e, mesmo podendo perder por um gol de diferença, permitiu a reação da equipe argentina, perdendo por 4 a 2 e perdendo a vaga nas quartas-de-final nos últimos minutos. Cuca pediu demissão depois da partida, mas ficou apenas nove dias longe do clube. Mário Sérgio comandou a equipe nas derrotas para Goiás, Atlético-PR e Santos. Cuca retornou em 14 de outubro, mas não conseguiu levar o time à Libertadores, ficando a seis pontos da zona de classificação.

Em 2008, com um grupo praticamente reformulado, o Botafogo voltou a surpreender. Apontado mais uma vez como o time de futebol mais bonito do Estadual, novamente ficou com o vice-campeonato diante do Flamengo. A Copa do Brasil era a grande esperança de um título na temporada, mas a equipe voltou a parar nas semifinais.