O Figueirense participará da Copa Santa Catarina de 2009, que será realizada nos dias 18 de outubro a 2 de dezembro, com sua equipe de juniores. A competição contará com a participação dos dez clubes que disputarão o Campeonato Catarinense da Divisão Principal de 2010.

O Figueirense estará na chave B, ao lado de Chapecoense, Joinville e Atlético de Ibirama, além do campeão da Divisão Especial.

Em reunião realizada pela Federação Catarinense de Futebol para definir a fórmula de disputa da competição, ficou estabelecido que todos os clubes jogarão entre si, em cada grupo, em  turno e returno. O primeiro e o segundo colocado de cada chave se classificam para às semifinais.

O campeão da Copa SC será o segundo representante catarinense na Série D do Campeonato Brasileiro e jogará a Recopa Sul-Brasileira, que será realizada em São Paulo, no início de dezembro.