O que é considerado pelos defensores do cultivo hidropônico como um trunfo é, ao mesmo tempo, o principal alvo dos críticos ao uso da técnica. Especialistas ligados à agricultura de base ecológica — que engloba estilos de produção que restringem ou excluem produtos químicos sintéticos no manejo — consideram o modelo uma artificialização do sistema produtivo.

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Para Gervásio Paulus, membro fundador da Associação Brasileira de Agroecologia e diretor-técnico da Emater-RS, abrir mão do solo significa correr o risco de não prover à planta nutrientes que a ciência talvez ainda não tenha descoberto necessários.

— Há um risco, como os nutrientes fornecidos são solúveis, de que ocorram desequilíbrios, que haja concentração excessiva deles. Não desconheço e não digo que não se possa consumir, mas coloco o hidropônico junto à agricultura tradicional, no sentido químico — afirma Paulus.

Evitando entrar em polêmicas, o professor Jorge Barcelos argumenta que a solução nutritiva é o resultado de anos de pesquisas, e que isso deve ser levado em conta:

— Enquanto se joga toneladas de adubo no solo pelos outros sistemas, a hidroponia não joga nada na terra, apenas algumas gramas de nutrientes na água. O uso de adubo na solução nutritiva é tão pouco que duvido que tenha coisa menos danosa para produzir plantas no planeta. Não precisa navios e navios transportando adubos, algumas toneladas permitem fazer hidroponia no planeta inteiro.