Em sessão bem mais disputada que a primeira, Giancarlo Fisichella levou vantagem na briga de segundos pilotos com Felipe Massa e fechou a sexta-feira com o melhor tempo nos treinos livres para o Grande Prêmio do Japão. O italiano da Renault foi menos de um décimo superior ao brasileiro, que ficou à frente do companheiro, o alemão Michael Schumacher.

Na briga pelo título, Fernando Alonso começou mal em Suzuka. Ele fez o quarto tempo, exatamente atrás de Schumacher, com uma volta pouco menos de três décimos mais lenta. Atrás do espanhol, estava o britânico Anthony Davidson, que havia feito o melhor tempo na primeira sessão e foi o quinto colocado na segunda.

O treino começou com pista molhada, resultado da garoa fina que caiu durante as primeiras horas do dia. Mas com a saída de alguns pilotos e o fim da chuva, o asfalto foi secando e os pilotos começaram a se arriscar fora dos boxes. Tantos que os melhores tempos acabaram saindo nos minutos finais.

O brasileiro Rubens Barrichello teve participação discreta e foi apenas o 13º. Seu companheiro de Honda, o britânico Jenson Button, apareceu melhor e consegui a sétima marca, atrás do alemão Sebastian Vettel. O finlandês Kimi Raikkonen foi décimo.

Na primeira sessão de treinos livres, prejudicada pela chuva, o britânico Anthony Davidson (Honda) obteve o melhor tempo com 1min45s349.