O atacante Aloísio não fica no São Paulo em 2006. Quem garante é a diretoria do Atlético-PR, que confirma que não negociará o jogador após o fim do empréstimo, já em janeiro. Entretanto, Aloísio não se reapresentará imediatamente ao Furacão, pois irá aproveitar uns dias de férias antes de disputar o Campeonato Paranaense, Copa do Brasil, Brasileirão e Copa Sul-Americana pelo Rubro-Negro.

A idéia é que Aloísio seja o parceiro de Dagoberto no ataque atleticano. O clube paranaense vendeu Lima, não renovou com Finazzi e emprestou Schumacher ao Paulista de Jundiaí, o que torna a idéia mais plausível, uma vez que atualmente o elenco só conta com Dagoberto e Denis Marques para o ataque. O contrato do jogador foi renovado junto ao Atlético, e então, os direitos contratuais foram cedidos por empréstimo ao São Paulo.

Aloísio foi o autor do gol do Atlético na decisão da Libertadores contra o mesmo São Paulo, no jogo que foi transferido para Porto Alegre, por decisão da Conmebol, terminado em 1 a 1. Já pelo São Paulo, Aloísio não marcou gols, mas sofreu o pênalti que deu a vitória ao Tricolor paulista sobre o Al Ittihad, da Arábia Saudita, por 3 a 2, e deu o passe para o gol do título, marcado por Mineiro, na vitória por 1 a 0 sobre o Liverpool.