O Vaticano não revelou quais os procedimentos usados para manter conservado o corpo do papa João Paulo II durante as cerimônias fúnebres. Apesar dos preparativos, quatro dias após perder a vida, o corpo do Pontífice mostra sinais da morte. Segundo Joaquin Navarro-Valls, porta-voz do Vaticano, apenas medidas superficiais de preservação tinham sido adotadas para garantir a integridade dos restos mortais. O religioso disse ainda que o Papa não havia sido embalsamado. João Paulo II será sepultado apenas na sexta, dia 8.                         

No caso de Paulo VI, que morreu em 1978, os especialistas prepararam o corpo para ser colocado em um caixão fechado. Dois dias depois de ficar à mostra, a pele do Papa perdeu a cor, sua mandíbula cedeu e as unhas ficaram escuras.

Outro exemplo de má conservação foi o corpo de Piu 12, em 1958. Os quatro homens que faziam guarda no Vaticano tinham que ser rendidos a cada 15 minutos por causa do mau cheiro.                                 

De outro lado, houve grande sucesso na preservação dos restos mortais de alguns papas. Um jovem médico chamado Gennaro Goglia teria realizado um milagre ao preservar o corpo de João XXIII com um líquido especial depois de sua morte, em 1963, em virtude de um câncer no estômago. Na época, Goglia, hoje com 82 anos, foi convocado pelo Vaticano para participar da equipe médica que inseriu o líquido no estômago do Pontífice para deter a decomposição.  

O corpo de João XXIII ainda estava bem preservado três anos atrás, quando foi transferido em um caixão de vidro da cripta localizada debaixo da Basílica de São Pedro para uma capela no piso do altar.

A capela da história dos papas está escondida na Igreja de São Vicente e Santo Anastácio, em Roma, e guarda os órgãos internos de todos os pontífices desde o século 16 até o começo do século 20.

– É algo um pouco curioso para os turistas. Na época, para embalsamar os corpos era necessário remover os órgãos internos –  afirmou o padre Sebastiano Paciolla, acrescentando que o papa Pio X aboliu a prática no começo do século 20

– Hoje, são usados métodos mais modernos para conservar o corpo – afirmou.