Zé Roberto marcou o primeiro gol do Santos no empate em 2 a 2 com o Caracas no jogo de ida das oitavas-de-final da Libertadores. Este foi seu quarto gol em nove jogos pela competição sul-americana.

Nesta temporada, Zé Roberto marcou sete gols em 28 jogos entre Libertadores, Campeonato Paulista e um amistoso. Ele igualou a marca que atingiu na temporada 1999/00 no Bayer Leverkusen.  Na época, o jogador marcou sete gols em 30 jogos entre Campeonato Alemão, Liga dos Campeões e Copa da Alemanha.

Há oito meses no Santos, Zé Roberto marcou nove gols em 41 partidas.