Além de combater o rigor penitenciário, a ofensiva terrorista do Comando Vermelho (CV) teria outra motivação, mais antiga e mais complexa. É o descontentamento dos criminosos com o avanço em seus territórios de milícias formadas por policiais e ex-PMs e civis. Elas têm expulsado traficantes das favelas e extorquido comerciantes, em troca de proteção contra os bandidos. Repetem o comportamento dos bandidos, mas sem apelar para o tráfico.

Levantamento do serviço de inteligência da Polícia Civil indica que os milicianos já tomaram 80 favelas do Rio. Em troca da expulsão de traficantes, policiais e ex-policiais cobram taxa de proteção aos moradores, ao estilo mafioso. As investigações indicam também que as milícias extorquem donos de serviços de transporte alternativo e ligações clandestinas de TV a cabo.

Na Zona Oeste, bairro de Campo Grande, o líder da milícia Os Justiceiros é um policial civil cujo apelido é Mata Rindo. Pelo menos 20 rapazes ligados ao tráfico teriam desaparecido, não se sabe se mortos ou fugidos. O símbolo da milícia é o Batman, colado em adesivos nos carros dos simpatizantes. Em Jacarepaguá, as comunidades de Quitungo e Guaporé são controladas por milicianos que se denominam "Os Galáticos", todos antigos moradores de favelas.

O tenente da PM fluminense Melquisedec Nascimento, que preside uma associação de integrantes da corporação, afirma que a tendência é o fenômeno das milícias se espalhar pelo país:

– Quando o Estado não cumpre sua função de frear a criminalidade, entram em ação esses grupos paramilitares. Não apoiamos, porque somos legalistas. O monopólio da força deve ser estatal. Mas o fenômeno está aí e veio para ficar.

Nascimento afirma que as milícias podem ser combatidas com serviço de inteligência, mas diz que não há verba nem disposição política.