Para votar em trânsito no segundo turno das eleições presidenciais, no dia 31 de outubro, o eleitor precisa ter feito seu registro na Justiça Eleitoral indicando em qual capital estará, de passagem ou em deslocamento, no dia da votação, tal como ocorreu no primeiro turno. O período para requerer voto em trânsito foi de 15 de julho a 15 de agosto deste ano e quem perdeu o prazo não poderá votar em trânsito.

De acordo com o Tribunal Superior Eleitoral (TSE), quem tiver se habilitado dentro do prazo mas, no dia da eleição (31 de outubro) não estiver na cidade para onde solicitou a transferência provisória do seu título a fim de votar em trânsito, deverá justificar a ausência em qualquer seção eleitoral. Esse procedimento é obrigatório, mesmo que o eleitor esteja em seu domicílio eleitoral de origem, segundo o TSE.

O voto em trânsito foi abolido pela legislação eleitoral há alguns anos, mas voltou a ser permitido este ano pela Lei 12.034/2009, exclusivamente para presidente e vice-presidente da República. Dentro do prazo estabelecido pelo TSE, a habilitação pôde ser feita em qualquer cartório eleitoral do país, mas somente os eleitores em dia com suas obrigações eleitorais podem votar nessa condição, e apenas nas capitais dos estados e no Distrito Federal.

Em todas as capitais serão instaladas urnas exclusivas para o voto em trânsito, pelos Tribunais Regionais Eleitorais (TREs). Para a instalação de uma seção especial de voto em trânsito, é preciso que a capital do estado tenha recebido o pedido de transferência provisória de no mínimo 50 eleitores.